Vesnice zanikaly z různých důvodů. Někdy proto, že vesnice byla od počátku založena na nevhodném místě. Někdy byla vesnice zničena válkou, nebo jinou pohromou. Jakmile bylo ale místo jednou osídleno, většinou bylo po čase osídleno znovu. Bylo to i snahou vrchnosti, aby nepřicházela o poddané, kteří měli robotní povinnost. A tak většina zaniklých vsí zanikla z důvodu podnikavosti dříve šlechty, později jiných pánů. Častý je zánik vsi při zakládání rybníků, později přehrad. Ale i při zakládání obor, nebo velkých panských dvorů. V poslední době velkých továren a povrchových dolů. V Českobudějovické oblasti se naštěstí neprojevil poslední velký důvod pro zánik vsí, hraniční pásmo a vojenské újezdy. Projevilo se to ale na Novohradsku a Krumlovsku (Boletice). Na Suchdolsku takto zanikla ves Krabonoš u Nové Vsi, zůstal jen kostel.

Vesnice zaniklé za třicetileté války:

• Provod, Žár - Obě vsi ve Velechvínském polesí, mezi Kolným a Ševětínem
• Ortvínovice, Vztuhy - Mezi Zalinami a Zvíkovem. Pův. majetkem budějovického purkmistra Ondřeje Puklice ze Vztuh
• Zlatěšovice - v dnešní Staré oboře. Jiný pravděpodobný důvod zániku je právě ta obora. Prý snad byla vesnice přesídlena do Zálužic

Vesnice zatopené rybníky

• Houžná - u Haklových Dvorů
• Opatovice - u Třeboně
• Humno - 1479 zatopena rybníkem Dehtář
• ... a další

Vesnice zatopené přehradami

Zde se jedná jen o Hněvkovickou přehradu. Severněji Orlická a jižněji Lipenská zatopily mnohem více.
Jaroslavice, Pardovice, Buzkov, polovina Purkarce
Ale mohlo to být horší. Plánované přehradní stupně na Vltavě byly ještě Krumlov I a II, Dívčí Kámen I a II, Rájov, na Malši měla být hráz místo u Římova pod Doudleby, takže by se zvedla i Stropnice.

Vesnice zbořené kvůli Temelínu

Asi jen jediná vesnice byla přímo zastavěna elektrárnou. Temelínec. Ostatní jen stály příliš blízko areálu. Zbyly z nich jen kapličky, návesní kaple a asfaltové cesty. Asfalt je věčný.

• Temelínec - přímo zastavěn elektrárnou
• Březí - zůstal jen kostel, hřbitov a zámeček Vysoký Hrádek, dnes informační středisko JETE
• Křtěnov - jen kostel
• Podhájí - jen kaplička a několik cest. Ovocné a okrasné stromy v lese jako pozůstatky zahrad.
• Knín - Kaple. Vesnice důkladně srovnaná se zemí a navezeny sutiny odjinud.

Původně se asi uvažovalo i o Kočínu, ten ale zůstal. Samotný Temelín zůstal stát.

Přejmenované vesnice

K přejmenování vsi docházelo často, buď kvůli německé verzi jména, nebo jak se měnily názory na čistotu jazyka. Tak se třeba z Hrdějic staly Hrdějovice, z Voselna Úsilné, z Kotejcan Chotýčany. Občas se ale přejmenovávalo z politických důvodů, jako Zlín na Gottwaldov, nebo Bös na Gabčíkovo. Tady máme asi jen jediný případ, kdy ves Záluží byla přejmenována na Trocnov. Na ves byl přenesen název původního dvorce asi 2 kilometry vzdáleného.
Na Novohradsku byla přejmenována Chlupatá ves na Meziluží, které ale už jedno nedaleko je. Dnes se znovu používá název Chlupatá ves.