Svatý Jan nad Malší je poměrně mladá vesnice. Vznikla až v 18. století, kolem kaple, později přestavěné na kostel. Vesnice je na kopci nad údolím Malše, je viditelná z velké dálky, ze silnice Velešín-Kaplice, i z vlaku. Usedlosti pod kostelem tvoří malé náměstí. Nejsou ve stylu selského baroka, ale vysokými atikami napodobují městské stavby. Další pěkné budovy jsou za kostelem, směrem na Ločenici. U silnice na Ločenici se nachází zajímavá kamenná Boží muka.