Štěpánovice leží u hlavní silnice z Lišova do Třeboně, zhruba uprostřed. Původní centrum vesnice bylo asi jižně od nynější silnice, ale místo návsi je zde rybník. Zdá se, že tento prostor byl zastavěn až druhotně, protože starší statky jsou dnes až v druhé řadě za mladšími. Původně tedy asi zástavba začínala až nahoře nad svahem, jak je obvyklé u údolních lánových vsí.
Nejhezčí pěkně opravený statek stojí vzadu za kostelem. Většina motoristů zná z vesnice jen sochu sv. Jána na mostě přes potok.

Jižně od vsi se nachází malá osada Skaliny. Býval zde syenitový lom. Osada už patří katastrem do Vlkovic, ale je blíže Štěpánovicím.